Патриаршество после Никона
По низложении Никона во главе Русской Церкви стояли такие лица, которые нисколько не походили на него характером и от которых царская власть могла не опасаться притязаний, столь характерных для их властного предшественника. Преемником Никона стал Иоасаф II, избранный на соборе из Троицких архимандритов (1667-1672 гг.). Он был старец кроткий и благочестивый, но его преклонные лета, недостаток образования и административных способностей не позволили ему выделиться в чем-либо за время его служения Церкви в сане первосвятителя. Он известен только по книжным исправлениям, которые продолжались и в его время, наряду со все более совершенствующимся книгопечатанием.
Так же тихо и незаметно прошло 10-месячное управление следующего патриарха Питирима, бывшего митрополита Новгородского (1672-1673 гг.).
Но третий (после Никона) патриарх Иоаким, преемник Питирима, ознаменовал свое правление активной деятельностью на пользу Церкви.

В конце апреля 1682 года был во главе совершивших дворцовый переворот, в результате которого царём был объявлен младший брат покойного Феодора Алексеевича — царевич Петр Алексеевич. 25 июня 1682 венчал Петра и его старшего сводного брата Иоанна Алексеевича на царство. В 1686 исходатайствовал царскую грамоту о неподсудности лиц духовного сана гражданским властям. В 1687 установил общую для всех епархий норму церковных даней и пошлин. Решительно противодействовал планам коронации Царевны Софьи, что породило в среде её партии план низложения (и даже убийства) Иоакима и возведения на Патриарший престол Сильвестра Медведева. Во время событий августа 1689 фактически стал на сторону Петра в его противостоянии с Софьей, оставшись с ним в Троицком монастыре.
= Борьба с расколом = Собор 1681 года признал необходимой совокупную борьбу духовной и светской властей с усиливавшимся "расколом", просил царя подтвердить постановления собора 1667 года об отсылке упорствующих раскольников к градскому суду, постановил отбирать старопечатные книги и взамен их выдавать исправленные, установил надзор за продажей тетрадей, которые, под видом выписок из священного Писания, содержали в себе хулы на книги церковные. Патриарх Иоаким всемерно заботился о том, чтобы постановления против раскольников не оставались мёртвой буквой: в этих именно видах умножено было число архиерейских кафедр и отправлены в свои епархии те архиереи, которые до тех пор жили в Москве с целью исправления раскольников «молением и учением». Рассылал в более крупные центры раскола особых увещателей и издал ряд полемических противораскольничьих сочинений. Наряду с более мелкими сочинениями против раскола, каковы: «Извещение о чуде» (М., 1677), «О сложении трёх перстов» (М., 1677), «Поучение ко всем православным христианам» (М., 1682), слово благодарственное «Об избавлении церкви от отступников» (М., 1683).
= Состояние Русской Церкви = В патриаршество Иоакима были учреждены следующие новые епархии: Нижегородская, Устюжская, Холмогорская (Архангельская), Тамбовская и Воронежская. На соборе 1675 года рассмотрен был также чиновник (служебник) архиерейского служения; изданы строгие постановления против роскоши в одежде духовенства. В 1677 году был упразднён Монастырский приказ. Осенью 1686 года киевская митрополия была подчинена Московскому Патриархату.
Были изданы, после предварительного просмотра и исправления: Шестоднев (1678), богослужебные книги: Требник (1680), Псалтирь (1680), Минея общая (1681), Октоих (1683), Часослов (1688) и Типикон (1682). Исправлен был и Апостол, но, по-видимому, не был напечатан.
В марте 1681 по указу Патриарха была основана сподвижником Иерусалимского Патриарха Досифея иеромонахом Тимофеем Типографская школа, ставшая основой для учреждённой в 1687 Славяно-греко-латинской академии — первого высшего учебного заведения в Московии.
Налаживая административно-экономическую жизнь духовенства, патриарх Иоаким заботился и об упорядочении жизни церковно-канонической. Для устранения некоторых различий в совершении Литургии и других церковных служб пересмотрены были чины Литургий Василия Великого и Иоанна Златоуста, исправлен и напечатан Типикон, который и в настоящее время существует почти в том же виде. На соборе 1673 г. отменено было совершение обряда шествия на осляти в епархиях, совершение его оставлено за одним патриархом; кроме того, патриарх Иоаким произвел поправку в обряде омовения ног, упразднив в нем место Иуды. Последний год патриаршества Иоакима совпал с первым годом самостоятельного царствования Петра Великого. Старшие дети царя Алексея Михайловича от Милославской, Феодор и София, получили образование в польско-киевском духе, и поэтому патриарху во время их правления приходилось бороться против польско-католических веяний среди православного общества; при Петре, который был воспитан в другом направлении, на первый план выступили иные, более сильные соблазны - немецкие, противодействовать которым было гораздо труднее. 17 марта 1690 года патриарх Иоаким скончался.


Патриарх не мешал царю, но царь не переставал смотреть на него подозрительно, как на нравственный оплот всех недовольных его нововведениями. В последнее время патриарх оставил даже Москву и жил в своем любимом Перервинском монастыре. Потеряв расположение Петра, Адриан не приобрел его и у старорусской партии, враждебно настроенной к реформам царя. Последняя желала видеть в патриархе строгого и смелого обличителя новых порядков и потому непочтительно отзывалась о первосвятителе, что "он бережет мантии да клобука белого, за тем и не обличает".
В октябре 1700 года Адриан скончался, и преемник ему уже не был назначен, патриаршее управление в Русской Церкви прервалось на два с лишним столетия.